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1.乡镇卫生院基础设施建设和装备水平还不容乐观。虽然大力开展了乡镇卫生院项目建设，部分乡镇卫生院的基础设施、院容院貌有了较大变化，但由于长期投入不足，大部分卫生院自我发展能力有限，本身没有能力进行设备更新和房屋改造，仅仅依靠项目资金，盖了房子，买不起设备，有的县（市）区级配套资金还没有到位。乡镇卫生院还有危房，大部分卫生院仍然缺乏设备，彻底改变乡镇卫生院面貌和设备落后状况的任务还十分艰巨。

2.夹缝中生存：技术设备不如上级---县级以上医院，灵活性不如村卫生所，比如价格、赊欠、熟悉度等 。

3.机制不活，管理不善。一些卫生院仍然沿袭计划经济时期的用人机制和分配方式，职工的积极性和主观能动性得不到充分发挥。一些县级卫生行政部门疏于对乡镇卫生院经营管理的指导，在一定程度上影响了乡镇卫生院的建设和发展。人员过剩，真正有能力的又太缺了。

4.乡镇卫生院人员、业务、经费等上划管理不彻底和财政补助政策、解决离退休人员经费等方面的措施不够得力，积极性还不高。有的县（市）区对乡镇卫生院的农村医疗卫生预算不但没有增加反而有了下降，属于财政确保的疾病控制、卫生监督、妇幼保健和健康教育等社会公共卫生经费仍然严重不足。财政投入，各地标准不一，这里是一分钱拨款都没有的，说是上划到县管，还不如原来乡管呢，弄来弄去，可以说卫生院是没有人管的单位。

5.工资及福利待遇少，一些正规院校毕业的还要应付各种考试、表格、继续教育等。

6.非处方药在药店随便卖，未取得医师资格却可以开处方。行政管理不知道有多少卫生院的院长是选出来的，大部分是卫生局任命的。

7.乡镇卫生院定位于“赚钱自养”的一所医疗机构，而不是承担农村初级卫生保健，疾病控制和卫生监督以及对村卫生室和乡村医生管理职能的农村公共卫生机构。同时，有的职能部门总是把乡镇卫生院建设确定在“提高医疗服务能力和水平上”，提出了不切实际的发展目标和要求，而丧失了乡镇卫生院应有的公共卫生职能。这种方向的错失，带来了错误的信息，即“乡镇卫生院是赚钱的，之所以搞不好，是因为缺少赚钱的能力”，从而进一步加大了对乡镇卫生院公共卫生职能的忽视，加大了乡镇卫生院摆脱困境的难度。